- Исполняющий обязанности руководителя ФБУ "Администрация "Волго-Балт"
- Капитан Волго-Балтийского бассейна внутренних водных путей - заместитель руководителя - Гладков Даниил Борисович
- Отдел дипломирования и оформления и выдачи удостоверений личности моряка и мореходных книжек
- Отдел регулирования движения судов
- Служба государственного портового контроля
- Заместитель руководителя - Луженков Денис Михайлович
- Служба экономики и финансов
- Отдел платных услуг и договоров
- Отдел компьютерного и программного обеспечения
- Автотранспортный отдел
- Заместитель руководителя - Кирпичев Михаил Евгеньевич
- Отдел пути
- Отдел судового хозяйства
- Служба картографии и инноваций
- Заместитель руководителя - Черенков Игорь Олегович
- Отдел гидротехнических сооружений и энергетики
- Отдел развития объектов инфраструктуры
- Проектно-конструкторский отдел
- Заместитель руководителя по безопасности - Кузнецов Олег Валерьевич
- Отдел транспортной безопасности
- Подразделение транспортной безопасности
- Отдел специальных программ
- Административно-хозяйственный отдел
- Отдел охраны труда и экологии
- Заместитель руководителя
- Отдел делопроизводства и общих поручений
- Контрактный отдел
- Отдел имущественных отношений и регистрации судов
- Юридический отдел
- Отдел персонала и трудовых отношений
- Главный бухгалтер - Ушаткина Ольга Геннадьевна
- Отдел бухгалтерского учета и отчетности
- Отдел внутреннего аудита
- Филиалы
- Бассейновый узел связи (БУС)
- Лоцманская служба
- Вытегорский район гидросооружений и судоходства
- Гвардейский район водных путей и судоходства
- Невско-Ладожский район водных путей и судоходства
- Отдел капитана рейда
- Новгородский район водных путей и судоходства
- Свирский район гидросооружений и судоходства
- Череповецкий район водных путей и судоходства
- Шекснинский район гидросооружений и судоходства