Управление Волго-Балтийского канала создано на базе Северо-Западного бассейнового управления пути в октябре 1963 года Приказом Минречфлота РСФСР № 171 от 26.10.1963 г. 

03 ноября 1969 года Управление Волго-Балтийского водного канала переименовано в Управление Волго-Балтийского водного пути им. В.И. Ленина Приказом Минречфлота РСФСР № 147 от 03.11.1969 г. 

В состав Управления входят: начальник, главный инженер, два заместителя начальника.

Служба гидросооружений, технический отдел, отдел материально-технического снабжения, конструкторское бюро, отдел капитального строительства, картографический отдел, административно-хозяйственный отдел, отдел эксплуатации судов технического флота, служба пути, изыскательская и производственно-теплотехническая партия, служба судового хозяйства, бухгалтерия, планово-экономический отдел, отдел организации труда и заработной платы и отдел кадров. 

26 декабря 1987 года Управление Волго-Балтийского водного пути им. В.И. Ленина переименовано в Производственное объединение «Волго-Балтийский водный путь им. В.И. Ленина» на основании Постановления Совета Министров СССР № 1471 от 26.12.1987 г. 

22 мая 1991 года Производственное объединение «Волго-Балтийский водный путь им. В.И. Ленина» переименовано в Государственное предприятие «Волго-Балтийский водный путь» на основании Приказа Концерна РФ № 18 от 22.05.1991 года. 

С апреля 1994 года в структуру Управления введено новое подразделение - Служба консультационных услуг, занимающаяся лицензированием. 

14 декабря 1995 года Государственное предприятие «Волго - Балтийский водный путь имени В.И.Ленина» преобразовано в Волго - Балтийское государственное бассейновое управление водных путей и судоходства в соответствии с постановлением Правительства Российской Федерации от № 12 от 05 января 1995 года, на основании Приказа Департамента РТ № 8 от 18.02.1995 года. 

С октября 1995 года в структуру Управления введено новое подразделение - Государственная бассейновая речная инспекция надзора за пожарной безопасностью судов. 

С 01 февраля 1996 года введено новое структурное подразделение - Невский район судоходства, в составе которого Лоцманская служба, Служба капитана рейда, Центральная диспетчерская, Паспортный отдел, редакция газеты «Вестник Волго-Балта». 

01 декабря 1998 года Волго - Балтийское государственное бассейновое управление водных путей и судоходства преобразовано в государственное учреждение «Волго - Балтийское государственное бассейновое управление водных путей и судоходства» на основании решения Регистрационной палаты Администрации Санкт-Петербурга № 124948 от  01 декабря 1998 года. 

В марте 2003 года в структуре Управления выделено новое подразделение - Отдел дипломирования. 

04 мая 2005 года Государственное учреждение «Волго - Балтийское государственное бассейновое управление водных путей и судоходства» переименовано в Федеральное государственное учреждение «Волго - Балтийское государственное бассейновое управление водных путей и судоходства» в соответствии с Распоряжением Минтранса РФ № ВР-48-Р от 03.03.2005 r. 

С 01 мая 2005 года исключено из штатного расписания У правления структурное подразделение - Государственная бассейновая речная инспекция надзора за пожарной безопасностью судов. 

С 01 мая 2006 года исключено из штатного расписания Управления структурное подразделение - Служба контроля исполнения. 

С 01 июля 2009 года исключено из штатного расписания У правления структурное подразделение - Служба капитана порта. 

С 01 августа 2009 года в штат У правления введена должность нового заместителя руководителя - «заместитель руководителя по строительству». 

С 09 ноября 2009 года исключено из штатного расписания У правления структурное подразделение - Редакция газеты «Вестник Волго-Балта». 

С  01 июня 2010 года в Картографическую службу введено новое структурное подразделение - Инновационно-технический отдел. 

В соответствии с Федеральным законом от 9 февраля 2007 r. N 16-ФЗ "О транспортной безопасности" с 01 сентября 2011 года в штатное расписание У правления введено новое структурное подразделение - Отдел транспортной безопасности, который преобразован в Службу транспортной безопасности с 01.11.2012 г. 

13 марта 2013 года Федеральное государственное учреждение «Волго - Балтийское государственное бассейновое управление водных путей и судоходства» переименовано в Федеральное бюджетное учреждение «Администрация Волго-Балтийского бассейна внутренних водных путей» в соответствии с Распоряжением Минтранса РФ от 20.02.2013 г. № АД-53-Р. 

В связи вступлением в силу Федерального закона от 23 апреля 2012r. №36-ФЗ "О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации в части определения понятия маломерного судна" и Федерального закона от 28.07.2012 N 131-ФЗ раздел 3 «Цели и виды деятельности управления» У става предприятия дополнен подпунктом «проведение государственной регистрации судов в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации» и «государственный портовый контроль». В штат введены новые структурные подразделения - Служба регистрации судов и Инспекция государственного портового контроля. 

С 01 февраля 2014 года Служба материально-технического снабжения преобразована в Контрактную службу, в состав которой входят три отдела: Автотранспортный, Контрактный и Отдел материально-технического снабжения.